Năm sau, Tư Mã Nguyên Hiển thi hành chính sách bạo ngược, khiến cho mọi tầng lớp sĩ tộc – bình dân ở Chiết Đông đều bất bình. Tôn Ân nhân lúc lòng người xao động, đưa giáo chúng trở về đất liền, khởi binh phản Tấn. Trong một thời gian ngắn, nghĩa quân đã phát triển lên đến mấy chục vạn người.

Triều đình Đông Tấn phái trọng binh đi đánh dẹp, Tôn Ân trước sau phải 4 lần chạy ngược ra hải đảo. Tháng 3 năm Nguyên Hưng đầu tiên (402), Tôn Ân tấn công Lâm Hải thất bại, nhìn lại mấy chục vạn nam nữ năm xưa đi theo mình, nay chỉ còn vài ngàn, thì nản lòng, đâm đầu xuống biển tự sát. Giáo đồ và kỹ thiếp nhảy theo đến hàng trăm người. Tín đồ Ngũ Đấu Mễ đạo đều tin rằng ông đã trở thành "thủy tiên", tàn dư nghĩa quân đề cử em rể của ông là Lư Tuần lên làm thủ lĩnh, tiếp tục đấu tranh.